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La chiesa originaria di San Francesco risale al XIII secolo. Demolita e ricostruita tra il 1632 e il 1636, dal XVIII secolo la chiesa fu rinnovata e ampliata con l’aggiunta di un transetto. In origine, l’abside era quadrata, poi trasformata in semicircolare. Nel 1962, la facciata fu rielaborata in pietra rosa di Finale e i pilastri in marmo di Carrara.
L’interno barocco a una navata è sede di una grande statua in marmo di San Francesco, sei altari marmorei sormontati con pregevoli opere d’arte, tra cui due dipinti di Domenico Fiasella e un trittico di Domenico Gare.
La cappella ospita una tavola recuperata dal naufragio leggendario, la Madonna di Maralunga, che, secondo la leggenda, affondò nella baia di Lerici.